O Puchar UEFA rywalizowano po raz pierwszy w sezonie 1971/1972. Powszechnie uważa się, że jest on kontynuacją Pucharu Miast Targowych. UEFA nie uznaje jednak tego drugiego za jej oficjalny turniej[2].
Obowiązująca początkowo reguła "jedno miasto, jeden klub", pochodząca jeszcze z Pucharu Miast Targowych, została zniesiona w sezonie 1975/1976, kiedy w rozgrywkach wzięły udział dwie drużyny z Liverpoolu – Liverpool F.C. i Everton F.C. Po reformach rozgrywek pucharowych w połowie lat 90 XX w. w Pucharze UEFA występowali także mistrzowie nisko notowanych federacji europejskich oraz dołączane są drużyny wyeliminowane z eliminacji i rozgrywek grupowych Ligi Mistrzów, a po likwidacji Pucharu Zdobywców Pucharów także zwycięzcy krajowych rozgrywek pucharowych (w Polsce – Puchar Polski).
W sezonie 2009/2010 puchar został przekształcony w Ligę Europy UEFA[3][4].
Od pierwszego sezonu Pucharu UEFA kolejne rundy były rozgrywane systemem play-off w dwumeczach. W sezonie 1997/1998 po raz pierwszy dwumecz finałowy zastąpiono pojedynczym spotkaniem. Od sezonu 1994/1995 rozgrywano rundę kwalifikacyjną. W sezonie 1996/1997 po raz pierwszy w rozgrywkach brały udział drużyny, które odpadły w rundzie kwalifikacyjnej Ligi Mistrzów UEFA tego samego roku, od sezonu 1999/2000 do turniejów o Puchar UEFA dołączały zespoły zajmujące 3 miejsce w rundzie grupowej Ligi Mistrzów w tym samym sezonie.
Od sezonu 2004/2005 rozgrywki o Puchar UEFA przeprowadzane były systemem pucharowo-grupowym. Eliminacje, pierwsza oraz trzecia i każda kolejna runda rozgrywano w dwumeczach, których zwycięzcy awansowali dalej. Drugą rundą były rozgrywki grupowe, w których brało udział 40 zespołów podzielonych na 8 pięciozespołowych grup. Każda drużyna grała po jednym meczu z przeciwnymi drużynami; w sumie 2 mecze u siebie i 2 na wyjeździe. Do następnej rundy awansowały 32 zespoły:
Rywalizowały one w dwumeczach (przegrywający odpada) – po każdej z nich pozostawało: 16, 8, 4 i 2 drużyny, które rozgrywają mecz finałowy na stadionie wybranym przed rozpoczęciem sezonu przez UEFA.
W 2008 roku zostały ustalone zasady przeprowadzania rozgrywek Ligi Europa UEFA, które obowiązują od sezonu 2009/2010. Turniej składa się z fazy kwalifikacyjnej, grupowej i pucharowej.
Kwalifikacje do Ligi Europa UEFA podzielone są na cztery rundy. Drużyny w nich startujące rozgrywają mecze w parach, na zasadach dwumeczu. Ogółem w fazie kwalifikacyjnej mogą wziąć udział 174 drużyny.
W pierwszej rundzie bierze udział 50 drużyn:
W drugiej rundzie bierze udział 80 drużyn:
W trzeciej rundzie bierze udział 70 drużyn:
W rundzie play-off (czwartej rundzie) biorą udział 74 drużyny:
W rundzie grupowej bierze udział 48 drużyn:
Są one dzielone na 12 grup po 4 drużyny, w których wszystkie zespoły rozgrywają między sobą po dwa mecze.
W pierwszej rundzie pucharowej biorą udział 32 drużyny:
Są one dzielone na 16 par, w których drużyny rozgrywają między sobą dwumecze. Zwycięzcy awansują do kolejnej rundy i konsekwentnie – przez ćwierćfinały i półfinały – do finału, rozgrywanego na wybranym przez UEFA stadionie.